Sommario: Improvvisamente, una flotta di navi con delle misteriose superarmi, chiamata 'Flotta della Nebbia", apparve in varie parti del mondo. L'umanità non aveva le tecnologie per combattere questo nemico, e quindi venne cacciata dai mari... Diciassette anni dopo la grande battaglia, Gunzou Chihaya e il suo equipaggio a bordo dell'I-401 e suo il Modello Mentale, Iona, iniziano a combattere contro la Flotta della Nebbia...